Neben dem Bau der zweiten Stammstrecke setzt die Bahn auch auf die Modernisierung der fünf unterirdischen Bahnhöfe der ersten Stammstrecke. Geplant ist im Jahr 2019 jeweils die Neugestaltung der Decken und die Erneuerung der Bahnsteigausstattung.
Dazu zählen Möblierung, Beleuchtung, Blindenleitsystem und Sitzgelegenheiten.
Zudem wird ein neues Gestaltungskonzept an den Stützen, Pfeilern und Wänden umgesetzt. Die eingeführten Farben der Stationen und die für München typische Beschriftung bleiben aber erhalten. Die Farbgebung orientierte sich anlässlich der Olympischen Spiele 1972 an den olympischen Ringen sowie am Farbkonzept, das Otl Aicher für die Münchner Spiele entworfen hatte.
In der Station Isartor soll zudem ein Aufzug den barrierefreien Zugang zu dem Bahnsteig ermöglichen. Die 360.000 Euro teure Maßnahme soll ebenfalls 2019 erfolgen. Derzeit ist der Bahnsteig nur über Rolltreppen zu erreichen.

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